Registro sencillo
dc.contributor |
Universitat de Vic - Universitat Central de Catalunya. Facultat de Ciències i Tecnologia |
|
dc.contributor.author |
Vila Tubau, Guillem |
|
dc.date.accessioned |
2022-01-24T10:21:54Z |
|
dc.date.available |
2022-01-24T10:21:54Z |
|
dc.date.created |
2021-06 |
|
dc.date.issued |
2021-06 |
|
dc.identifier.uri |
http://hdl.handle.net/10854/6932 |
|
dc.description |
Curs 2020-2021 |
es |
dc.description.abstract |
El microbioma és una comunitat microbiana característica que ocupa un hàbitat ben
definit, amb unes propietats fisico-químiques determinades i té un paper clau en la salut
i/o el correcte funcionament del seu hoste. La recerca en el camp del microbioma, té en
l’actualitat, i tindrà en un futur no molt llunyà, diverses aplicacions en el camp de la salut
humana, en l’agricultura i el processament d’aliments i en la lluita contra el canvi
climàtic. El microbioma s’estudia a través de la metagenòmica, principalment per
seqüenciació shotgun i/o per seqüenciació d’amplicons. Les lectures resultants de la
seqüenciació són processades i resumides en taules d’abundàncies d’OTU. Aquesta
aproximació, però, requereix tenir en compte factors com la composicionalitat de les
dades i les diferències entre les diverses metodologies d’anàlisi.
En aquest treball s'ha construït un procediment d'anàlisi del microbioma completament
integrat en l'entorn d’R a través d’RStudio que inclou tant el processament bioinformàtic
de les seqüències com l'anàlisi estadística posterior. S'han resumit les bases de dades de
microbioma públiques més importants, i s'ha il·lustrat el procediment amb dades d'un
estudi real. A més en el procés s’han avaluat els efectes de la rarefacció i el filtrat de
certes mostres i OTUs/ASVs sobre els resultats obtinguts. El codi utilitzat està disponible
en format tutorial amb Rmarkdown a (https://hanso3.github.io/TFG/Codi.html).
Aquest estudi em va permetre apreciar la complexitat computacional i metodològica de
l'anàlisi del microbioma i la sensibilitat dels resultats a les diferents tècniques aplicades
en el processament i anàlisi de les dades, tot posant de manifest la necessitat de disposar
d'uns protocols estandarditzats per al processament i l’anàlisi del microbioma que facin
que els resultats obtinguts siguin reproduïbles, significatius, i comparables amb els
d’altres estudis |
es |
dc.description.abstract |
A microbiome is a characteristic microbial community in a reasonably well-defined
habitat with determined physiochemical properties, and it plays an important role in the
health of the host. Microbiome research has and will have multiple applications in the
field of human healthcare, agriculture, food processing and in the fight against climate
change. The study of the microbiome is mostly done through Metagenomics, mainly with
shotgun sequencing or/and amplicon sequencing. The reads resulting from sequencing
are processed and summarised in abundance OTU tables. However, this approach
requires taking into account factors such as the compositional nature of microbiome data
and the differences between the various analysis methods.
In this project I constructed a procedure for the analysis of microbiome data completely
integrated in R through RStudio which includes both the bioinformatics processing of the
sequences and their subsequent statistical analysis. The main public microbiome
databases have been summarised, and the procedure has been tested with data from a real
study. Furthermore, the effects of rarefaction and filtering of certain samples and
OTUs/ASVs on the results have been evaluated. The utilised code is available in
Rmarkdown tutorial format on (https://hanso3.github.io/TFG/Codi.html).
This study made it possible for me to understand the computational and methodological
complexity of microbiome data analysis and the sensitivity of results to the different
processing and analysis techniques applied, highlighting the need for standardised
microbiome processing and analysis protocols that result in reproducible, significative
and comparable results. |
es |
dc.format |
application/pdf |
es |
dc.format.extent |
45 p. |
es |
dc.language.iso |
cat |
es |
dc.rights |
Tots els drets reservats |
es |
dc.subject.other |
Microbioma humà |
es |
dc.subject.other |
Entorn R |
es |
dc.subject.other |
Bioinformàtica |
es |
dc.title |
Metodologies d’anàlisi del microbioma amb R |
es |
dc.type |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
es |
dc.rights.accessRights |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
es |
Texto completo de este documento
Registro sencillo