Anàlisi del metiloma i el transcriptoma de la diabetis de tipus 2

Abstract

La diabetis de tipus 2 (DMT2) o diabetes mellitus no insulinodependent és una malaltia metabòlica molt complexa que es caracteritza pel fet que les cèl·lules del nostre cos són incapaces de detectar la insulina a través dels seus receptors. El fet de desenvolupar DMT2 és el resultat de la interacció entre factors ambientals i factors heretables. En aquest Treball de Fi de Grau hem volgut explorar alguns mecanismes moleculars que poden estar associats a la diabetis tipus 2 a partir d'una aproximació multi-òmica que integri informació epigenòmica i transcriptòmica. Per això, hem partit de les dades públiques de l’estudi (GSE65058): Kirchner H, Sinha I, Gao H, Ruby MA et al. Altered DNA methylation of glycolytic and lipogenic genes in liver from obese and type 2 diabetic patients. Mol Metab 2016 Mar;5(3):171-183. PMID: 26977391, que te per objectiu descobrir les contribucions epigenètiques en aquesta malaltia. Concretament, hem pogut analitzar els nivells de metilació i d'expressió gènica de pacients amb diabetis de Tipus 2 (DMT2) i controls sans “ND” obtingudes en aquest estudi. Així doncs, l’objectiu de partida del present Treball de Fi de Grau és poder aportar llum sobre els mecanismes moleculars associats al desenvolupament de la diabetis de tipus 2 a partir de l'estudi de la possible relació entre el perfil d’expressió gènic i els nivells de metilació dels diabètics de tipus 2. Tant l’anàlisi del transcriptoma com el del metiloma, s’han dut a terme mitjançant el programa estadístic R, en el qual s’han utilitzat diverses llibreries de Bioconductor específiques per a cada tipus de dades. En els resultats de l’anàlisi del transcriptoma vam identificar 4 sondes diferencialment expressades, on només una d’elles havia estat descrita anteriorment. En canvi pel metiloma diversos dinucleòtids CpG es trobaven diferencialment metilats. En el procés d'integració dels dos nivells d'informació molecular no vam poder identificar relacions rellevants, com per exemple dinucleòtids CpG que poguessin afectar l’expressió del gens diferencialment expressats que havíem descrit en l'anàlisi del transcriptoma. De manera que aquests resultats deixen la porta oberta a noves vies d’investigació sobre les causes i les vies biològiques associades a la diabetis de tipus 2.