Análisis de mutaciones del gen de c-MET en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) utilizando Secuenciación de Nueva Generación (NGS)

Abstract

Las terapias actualmente utilizadas para tratar el cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC) no funcionan adecuadamente en la mayoría de los pacientes que se encuentran en estados avanzados de la enfermedad, de modo que en estos casos se observa un índice de supervivencia del 26% al 13%. Por este motivo existe un proyecto europeo donde participan el Hospital Universitario Quirón Dexeus, el Hospital Clínico y Pangaea Oncology. El objetivo del proyecto es caracterizar los genes que comparten un patrón de expresión y identificar las mutaciones que se producen en este conjunto de genes para cada subgrupo de pacientes con NSCLC, en otras palabras, se busca caracterizar la firma genética de la enfermedad. El estudio que se realizo en Whole Genix se centró en analizar las mutaciones que se producen en el gen de c-MET (factor de transición epitelio–mesénquimal) en estados avanzados de la enfermedad. C-MET es un receptor de membrana considerado un proto-oncogen debido a que alteraciones en c-MET se relacionan con procesos metastático como la angiogénesis y la transición epitelio-mesenquimal. En el proyecto se destinaron 900 muestras para estudios de expresión. Diez de las muestras que presentaban alteraciones en la expresión de c-MET se destinaron a Whole Genix donde se realizó el análisis genético. Cinco muestras provenían de pacientes con NSCLC en estados avanzados y las cinco muestras restantes eran de pacientes con cáncer de glioma (para verificar que se produce la deleción del exón 7, se utilizó como control). El objetivo principal del trabajo fue utilizar técnicas de secuenciación de nueva generación (NGS) y herramientas bioinformáticas para encontrar alteraciones genéticas en el exón 14, ya que estudios anteriores resaltan la importancia de alteraciones en este exón en pacientes con NSCLC. El análisis bioinformático realizado se basa en la observación de la cobertura (depth of coverage), análisis combinatorio de estrategias de paired-reads y herramientas de visualización del genoma para detectar variantes estructurales (SV). Para analizar variantes de un único nucleótido (SNV) y indels se utilizo la metodología de mpileup. Los resultados preliminares indicaron que en algunos casos de NSCLC se detectaron deleciones que afectaban al exón 14. En otros casos se observaron SNV y indels, que alteraban el mecanismo del splicing alternativo produciendo la eliminación del exón 14. También se encontraron mutaciones que no afectaban al exón 14 pero también se reportaron en el trabajo. Las mutaciones descritas permitirán ayudar en la caracterización de la firma genética en pacientes con NSCLC en estados avanzados con la finalidad de mejorar el diagnostico y el tratamiento de la enfermedad para poder aumentar el índice de supervivencia de este grupo de pacientes.